Desde 2 de julho de 1999 a empresa passou a operar regularmente de Lima para outras cidades no Peru e no exterior, como Miami, em novembro de 1999.

Em janeiro de 2002 os Airbus A320 substituíram os Boeing 737-200 na frota da empresa. Com a quebra da AeroContinente e posterior da Nuevo Continente a Lan Peru se tornou a principal empresa doméstica peruana em 2005. Iniciou voos para São Paulo em 2006.

Em 7 de agosto de 2008 passou a operar voos diretos à Europa, com Boeing 767, que têm capacidade para 214 passageiros e possuem sistemas de entretenimento a bordo de última geração. A companhia lança esta nova rota oferecendo três voos semanais entre Lima e Madrid.

Em abril de 2009 iniciou voos diários entre Lima e Washington DC. Anos depois a empresa já atendia várias outras cidades na América do Sul, Caribe e Estados Unidos. Possui com matrícula peruana apenas 2 Airbus A319. As demais aeronaves que atendem a empresa são alocadas pela LAN conforme demanda.

A partir de janeiro de 2016 passará a ter 12 voos semanais na rota Lima – São Paulo.